Naast het verzamelen van alle D-spirits, is het doel van het spel om je tegenstanders te verslaan door jouw D-spirits in te zetten om je rivaal te beroven van zijn spirit points. Aan het begin van een spel bepalen de spelers hoeveel Spirit Points elke speler heeft, waarna ze ervoor moeten zorgen dat de tegenstander al zijn punten verliest. Als je ervoor kunt zorgen dat je tegenstander als eerste al zijn spirit points kwijtraakt, heb je het spel gewonnen.
Iedere D-spirit heeft zijn eigen unieke eigenschappen en is onderdeel van een type, bijvoorbeeld wind, beest of giftig. D-spirits hebben drie verschillende soorten punten: Spirit Points, Power Points en Endurance Points. Een D-spirit kan een andere D-spirit verslaan als zijn power points hoger zijn dan die van zijn vijand. Als een D-spirit wordt verslagen, moet hij het veld verlaten en komt hij in de D-world terecht. Als een D-spirit wordt verslagen, worden zijn Spirit Points afgetrokken van de Spirit Points van de speler. Iedere D-spirit heeft een unieke vaardigheid die hij kan gebruiken, waardoor een sterkere D-spirit niet altijd de winnaar hoeft te zijn.
D-spirits wordt gespeeld met twee spelers en duurt totdat een speler geen Spirit Points meer heeft. Aan het begin van een spel wordt de startspeler bepaald door een potje steen, papier, schaar. Daarna begint het spel. Beide spelers leggen het veld klaar door een squad-deck, een signal en signs deck en een side deck neer te leggen. Daarna nemen beide spelers 7 kaarten op hand en kan het spel beginnen. In een beurt mag een speler een kaart op hand nemen of kiezen welke kaart hij gaat spelen en de tegenstander aanvallen. Daarna beëindigt de speler zijn beurt en is de andere speler aan de beurt. Als een speler al zijn Spirit Points kwijt is geraakt, heeft hij het spel verloren.
Bekijk hieronder een uitlegvideo van D-Spirits: